La Academia Militar de Carolina del Sur fue una institución predecesora, con dos campus, de The Citadel. Fue establecida en 1842 por la Legislatura de Carolina del Sur.

Carolina del Sur había construido una serie de arsenales en todo el estado después de la revuelta de esclavos planeada por Denmark Vesey en 1822; estos fueron consolidados en los arsenales de Columbia y Charleston. Como ya no se consideraban necesarios desde el punto de vista militar, en 1842 se convirtieron en la Academia Militar de Carolina del Sur, formada por la Academia del Arsenal en Columbia y la Academia de la Ciudadela en Charleston. Durante la Guerra Civil los estudiantes de ambas sirvieron como Batallón de Cadetes del Estado; las clases continuaron, con interrupciones. Los cadetes de la SCMA efectuaron los primeros disparos de la Guerra Civil el 9 de enero de 1861 mientras tripulaban un emplazamiento de cañones en Morris Island, Carolina del Sur, que bombardeó el buque de vapor de la Unión Star of the West; el Batallón de Cadetes del Estado constituyó más de un tercio de la fuerza confederada que defendió un puente ferroviario estratégico en la Batalla de Tulifinny en 1864, la única ocasión en que todo el cuerpo estudiantil de una universidad estadounidense luchó en combate.

La Academia del Arsenal fue incendiada por las tropas de la Unión en 1865 y nunca volvió a abrir; el único edificio que sobrevivió se convirtió en la Mansión del Gobernador de Carolina del Sur. La Academia Citadel y la Academia Militar de Carolina del Sur cerraron en 1865; sus edificios estuvieron en manos de los federales hasta 1882. Una ley de 1882 de la Legislatura de Carolina del Sur reabrió la Academia Militar de Carolina del Sur, utilizando únicamente el campus de Charleston. Conocida comúnmente como The Citadel Academy, la escuela fue rebautizada en 1910 como The Citadel, después de que el nombre «Academy» se hiciera común a las escuelas secundarias en lugar de a las universidades.