Este capítulo ofrece una visión general de los hongos y las algas eucariontes, ya que ambos grupos comparten una gama de morfologías, es decir, desde las filamentosas hasta las celulares. Los hongos aglutinan el suelo por su forma filamentosa, sus exudados y sus interacciones tróficas con todos los demás grupos de organismos del suelo. Los hongos son enormemente importantes en el ciclo del carbono y el nitrógeno por su capacidad para degradar sustratos complejos de origen vegetal, que representan hasta el 90% de la productividad primaria neta en la mayoría de los ecosistemas terrestres. Además, las simbiosis generalmente mutualistas, conocidas como «micorrizas», entre muchos hongos y las raíces de las plantas, así como las interacciones parasitarias que dan lugar a muchas enfermedades de las plantas, tienen enormes repercusiones tanto en términos ecológicos como económicos. Los márgenes temporal o permanentemente húmedos de los ríos, lagos y estanques y los sustratos turbosos de las turberas y los pantanos albergan muchas algas de agua dulce que no prosperan lejos del agua. Los diversos suelos de la agricultura templada y tropical, las praderas, los bosques, la tundra ártica y alpina e incluso los desiertos también albergan una flora sorprendentemente diversa y activa de algas eucariotas y cianobacterias. En este capítulo se explican la clasificación y las características de los hongos y las algas eucariotas, así como las funciones ecológicas de estos grupos en el suelo.